Die Stabsstelle Controlling ist der hauptberuflichen Vizepräsidentin zugeordnet.

Neben der inhaltlichen Pflege und dem Aufbau der Kostenarten-, Kostenstellen- und Kostenträgerrechnung ist Kernaufgabe das Sammeln, Aufbereiten und Analysieren von Daten. Hierunter ist sowohl die Entwicklung und Begleitung interner Controlling-Instrumente zur Ressourcensteuerung zu verstehen – bspw. MAIKEplus oder die Weiterentwicklung der hochschulinternen Budgetierung – als auch die Bedienung externer Informationsbedürfnisse, die sich aus dem Hochschulkennzahlensystem, der hochschulübergreifenden Finanzierungsformel, dem Hochschulverwaltungs-Benchmarking oder vergleichbaren Systemen und Anfragen ergeben.

Dem Controlling obliegt es insbesondere auch, die inneruniversitären Voraussetzungen für eine Einhaltung des Unionsrahmens für staatliche Beihilfen zur Förderung von Forschung, Entwicklung und Innovation zu schaffen (Trennungsrechnung). Hierzu gehören neben der Berechnung der Stundensätze und des dazugehörigen Overheads auch die Verarbeitung der von den Einrichtungen gemeldeten Stundenaufzeichnungen und die Buchung auf den Auftragskostenstellen.